Esimene kool asutati Vara kiriku juures 1752.a. Õppetöö toimus tol ajal mardipäevast lihavõtteni. Peale lugemise õpetati veel laulmist ja katekismust.  Mõis andis raamatud.

  23. mail 1786.a. kutsuti Maarja-Magdaleenasse konvendile mõisaomanikud, koolmeistrid, võõrmündrid. Varalt oli kohal parun Johann Jürgen von Wrangel ja disponent Heinrich Jakobson. Anti aru kihelkonna kõigi koolide olukorra kohta üksikult. Vara kooli kohta on järgmised teated: Vara küla koolimajaks oli rehi, mille külge oli ehitatud üks 4 sülla pikkune ja 3 sülla laiune ühe aknaga kamber. Kambris oli ahi, ruum suitsuvaba. Koolmeistriks oli Ermo Jaan. Pastor pidas teda heaks õpetajaks, kuid polnud rahul tema elukommetega.  Konvent otsustas, et lapsed peavad edaspidi tooma igaüks naela küünlaid ja kütmiseks koorma puid. Otsustati veel, et koolimajale tuleb üks aken juurde ehitada, sest aken ei anna küllaldaselt valgust.

  19. sajandi algul töötas Vara koolis köster - koolmeister Kristjan Masing.

  Koolimaja Varal ehitati 1806. aastal. Maja oli ehitatud seaduse järgi, oli ühe kambriga, akendega ja korstnaga, 15 ruutsülda (67,5 m² ) suur. Kuid koolimaja asukoht oli halvasti valitud. Üksikud talud asusid koolist kaugel, lastel oli võimatu nii kaugelt koolis käia. Kirikuõpetaja manitsuste peale oli siiski väga hooletusse jäetud lapsi mõni nädal koolitatud. Kirikuõpetaja ettepaneku järgi jaotati lapsed kahte ossa: ühed käisid koolis ühel nädalal, teised teisel. Eksamil näitasid lapsed üles suurt teadmatust. Kirikuõpetaja sooviks oli, et mõis peaks toetaks ja hoolitseks kooli eest.

  1820. aastast alates oli Vara köster - koolmeistriks Johan Friedrich Masing, sünd 1792.a. Ta töötas sellel kohal kuni surmani, 1862. aastani, seega nelikümmend kaks aastat.

  Sajandi keskel - 1845. aastal toimus koolitöö ikka veel vanas majas, sajandi algul ehitatud majas. Ei ole teada, et vahepeal oleks ehitatud Varal uut koolimaja.

  1855. aastast töötas Varal abiõpetajana Paul Reinvald, 1863. aastast aga õpetajana kuni 1871. aastani.

  1860. aastal, kui vallad asutati, hakkas ka vald kooli ülal pidama.

  Alles 1868. aastal sai Vara kool uue maja.

  1876. aastast alates hakati Vara koolis õpetama ka vene keelt.  Emakeele tunde oli 30, vene keele tunde 2.

  On teada, et Vara koolis lapsi karistati ja seda tehti vitsaga. Lapsed said koolis vitsa iga päev peale esmaspäeva. Kui koolimaja ümbruses enam vitsu ei olnud, siis pidid lapsed ise hommikuti need kaasa võtma, kes seda ei teinud, sai 5 hoopi rohkem. Trahv koolist puudumise eest oli 10 kopikat iga puudutud päeva eest.

  29. novembril 1921. aastal asutati Kaarli 4-klassiline Kool asukohaga Vara mõisas, kus koolijuhatajaks oli Osvald Eglit. Kooliõpetajad said palga Tartu Maakonna Valitsuselt ja kooli majanduslikud kulud kandis Vara vald.

  1926. aastal kolis kool Vara mõisast Kaarli mõisa.  Koolijuhatajaks sai Johannes Kütt.

  1928. aastal avati 5. klass.  1940. aastal muudeti kooli nimi, selleks sai Kaarli Mittetäielik Keskkool. 3. veebruaril 1943.a. suleti kool. Koolimaja võeti sõjaväe kasutusse. 1944. aastal avati kool taas, siis oli klassikomplekte seitse.

  1951. aastal toimus koolielus suur muudatus - lastele hakati andma sooja sööki. Varem sai kodunt kaasavõetud leibadele ainult kuuma suhkruta teevett kõrvale.

  1973. aastal alustati uue koolimaja ehitamist, mis samal aastal ka valmis sai.

  Seoses kuueaastaste laste koolitulekuga muutus kool 1988.a.             9-klassiliseks ja praegu kannab kool Vara Põhikooli nime.